RedacciónLa Universidad Regional Amazónica Ikiam, la Universidad Superior Politécnica del Litoral-ESPOL y la Universidad de Ciencias Aplicadas y Artes de Gante HOGENT de Bélgica ponen en marcha la secuenciación masiva para el monitoreo de especies en la Amazonía ecuatoriana, a través de técnicas de ADN ambiental (eDNA).
El biomonitoreo genético que realizan permite la identificación de especies con secuenciación en tiempo real usando Tecnología Oxford Nanopore (ONT), con el fin de detectar especies invasoras y realizar un código de barras genético de peces, anfibios y macroinvertebrados. Este tipo de estudio permitirá tomar medidas ecológicas para el control de especies y el inicio de acciones de conservación efectivas en los ecosistemas acuáticos de la Amazonía ecuatoriana.
La técnica de eDNA permite analizar muestras ambientales, como agua o suelo, con el fin de detectar el ADN de las especies presentes en dicha muestra. Esta técnica ha sido implementada en la Amazonía ecuatoriana combinando el trabajo de campo y laboratorio, lo cual se ha logrado gracias a las capacitaciones brindadas a los investigadores, técnicos y estudiantes en el uso de equipos de alta complejidad tecnológica. De esta manera, se ha recreado el diseño de un laboratorio científico portátil para uso en campo, con el cual se pretende obtener datos rápidos sobre especies invasoras presentes.
“Lo fascinante de esta tecnología de secuenciación es su versatilidad, dado que es totalmente portátil y con capacidad de lecturas de ADN en tiempo real, siendo ésta una de las fortalezas del proyecto. Esto nos permite trasladar el laboratorio de biología molecular al campo y detectar rápidamente las especies de interés, directamente en el sitio de estudio”, indican los investigadores. Hasta el momento, se han logrado obtener las secuencias genéticas de tres especies de anfibios amazónicos y estandarizar los protocolos de secuenciación en campo.
Actualmente esta tecnología promete ser muy útil, no solamente para identificar especies invasoras, sino también para identificar especies de animales amenazados o poco comunes, patógenos como: bacterias, hongos y virus, y biodiversidad en general, catalogándose como un equipo de aplicación genómica multidisciplinaria.
La puesta en marcha de esta primera secuenciación de ADN, con el equipo MinION (ONT) en Ikiam, se da en el marco del proyecto financiado por VLIR-UOS “Monitoreo basado en ADN ambiental para evaluar el efecto de especies invasoras en ecosistemas acuáticos de la cuenca Amazónica del Ecuador”, el cual se ha venido ejecutando desde el año 2018. El proyecto es liderado en Ikiam por los Grupos de Investigación en Biogeografía y Ecología Espacial (BioGeoE2) y Recursos Hídricos y Acuáticos (GIRHA), en ESPOL por el Centro de Investigaciones Biotecnológicas (CIBE) y en HOGENT por el Centro de Investigación Tecnológica del Agua y de la Salud.
Nombre del proyecto original: DNA-based monitoring for assessing the effect of invasive species on aquatic communities in the Amazon basin of Ecuador (BEE-009-2020).
Nombre del proyecto en español: Monitoreo basado en ADN ambiental para evaluar el efecto de especies invasoras en ecosistemas acuáticos de la cuenca Amazónica del Ecuador.
- Coordinadora General: Christine van der Heyden
- Coordinación en Ikiam: H. Mauricio Ortega-Andrade / Jorge Celi
- Coordinación en ESPOL: Julio Bonilla
- Investigadores asociados: Francisco Villamarín, Rodrigo Espinosa, Lenin Riascos.
- Equipo técnico-científico: Andrea Carrera, Katherine Apunte, Marcela Cabrera, Grace C. Reyes-Ortega.
- Estudiantes: Walter Quilumbaquin, Jomira Yánez, Alex Arias, Keyko Loza, Karina Quizhpi, Antonella Nivelo, Judith Desmet. (I)
Fuente: IKIAM
